Автоматизация бизнес-процессов — не самоцель, а необходимость. Да, медицинская информационная система обладать достаточным функционалом, чтобы покрывать все рутинные потребности врачей, административного персонала и руководства клиники. Но требования и ожидания рынка от МИС вышли на новый уровень. Реальной ценностью обладает та мис система, которая включает отдельное медицинское учреждение, сеть клиник, региональное здравоохранение в медицинскую экосистему. То есть даёт возможность клинике взаимодействовать со всеми значимыми медицинскими сервисами. В коммерческих медучреждениях все информационные потоки строятся вокруг МИС, в государственных — значимая часть информационного обмена связана с региональной МИС. В свою очередь Региональная МИС заметным образом включена в экосистему Единой государственной информационной системы в сфере здравоохранения (ЕГИСЗ). В этой схеме взаимодействия МИС является связующим звеном. Экосистема создается посредством вовлечения в информационное взаимодействие всех участников процесса.